Pitchfork đã gọi tên Discovery là album hay thứ 12 của năm 2000–04[41] và là album hay thứ ba của thập kỷ.[42] Vào năm 2021, Pitchfork đã đưa Discovery vào danh sách các bài đánh giá mà họ "sẽ thay đổi nếu có thể", nâng điểm của nó từ 6,4 lên 10/10. Nhà phê bình Noah Yoo của Pitchfork đã viết: "Nếu điểm số là để chỉ ra sự trường tồn hoặc tầm ảnh hưởng của tác phẩm, bài đánh giá ban đầu không còn hiệu lực trong dòng chảy lịch sử. Album thứ hai của Daft Punk, Discovery, là đỉnh cao sự nghiệp của họ, một album vượt qua cội nguồn hộp đêm của bộ đôi robot và trải dài nhiều thập kỷ sau đó."[36]

Năm 2009, Rhapsody vinh danh Discovery là album xuất sắc thứ 12 của thập kỷ.[43] Nó cũng được gọi tên là album hay thứ tư của thập kỷ bởi Resident Advisor.[44] Năm 2012, Rolling Stone vinh danh Discovery là album EDM vĩ đại thứ tám.[45] Rolling Stone đã đưa nó vào vị trí thứ 236 trong danh sách "500 album vĩ đại nhất" năm 2020.[46] Album cũng được đưa vào chuơng trình Masterpieces của BBC Radio 1 vào tháng 12 năm 2009 do Zane Lowe trình bày, đánh dấu vị thế ngày càng tăng của nó trong suốt thập kỷ.[47]

Một số bài hát đã được lấy sample bởi các nghệ sĩ khác. Ca khúc "Stronger" của Kanye West trong album Graduation có sample giọng hát của "Harder, Better, Faster, Stronger". "Stronger" đã được biểu diễn trực tiếp tại Lễ trao giải Grammy lần thứ 50, với Daft Punk biểu diễn trong cấu trúc kim tự tháp đặc trưng trong khi Kanye West rap trên sân khấu.[48] Bài hát "Summertime" của Wiley trong album See Clear Now có một bản sample của "Aerodynamic".[49] Bài hát "Dream Big" của Jazmine Sullivan trong album Fearless sử dụng sample từ "Veridis Quo".[50]